La Chiesa del Gonfalone è situata nel centro storico di Saltara.

Deve il suo nome alla confraternita omonima, detta anche del SS. Crocefisso.
Notizie della chiesa risalgono al XVI secolo, ma è nel 1764 che l'interno assume una fisionomia tardo barocca, con stucchi e un soffitto dipinto ad imitazione di quelli a cassettoni di legno intagliato. Sovrasta l'altare maggiore una grande tela raffigurante la Deposizione della Croce, dell'inizio del '500 e riferibile alla bottega del Perugino (Alessandro Marchi, in PIERMATTEI 2014). Ai due altari laterali si trovano un dipinto del Guerrieri raffigurante la Vergine col Bambino e S. Antonio da Padova e di autore ignoto l'Assunzione della Madonna.
Il campanile è stato riedificato nel 1788.

Sino a pochi anni fa il campanile era in stato precario e parte del tetto addirittura crollata.
Nel corso dei restauri, terminati nel 2013, è emerso nella parete di fondo un grande affresco di fine '400 - inizi del '500 raffigurante il Giudizio universale.