Nel 1861 fu ricostruito il molo guardiano (situato a levante rispetto all'imboccatura), ma il Porto di Fano non era pienamente agibile per i commerci essendovi all'imboccatura una scarsa profondità.
Ad aggravare la situazione fu costruito nel 1861 sul porto-canale all'altezza della Fortezza Malatestiana, per la ferrovia Bologna-Ancona, un ponte fisso (tre ordini di piloni) che rese inservibile la parte di canale situata a monte. Solo successivamente fu fatto un altro ponte ad una sola campata in modo da permettere l'ingresso alle barche con le alberature smontate.

Quando nel 1888 lo Stato subentrò al Comune nella gestione del porto, iniziò una lenta sostituzione delle palafitte con moli in muratura; il molo guardiano fu prolungato con una scogliera assai pericolosa. Il numero dei battelli aumentò notevolmente e la pesca incominciò a rivelarsi un'attività economica assai redditizia per la città.