Pur mantenendo l'impianto basilicale, nel corso dei secoli la chiesa ha subito numerosi restauri e modifiche poiché continuamente danneggiata dalle frequenti infiltrazioni d'acqua e dall'umidità per la sua esposizione a nord e per essere costruita a ridosso della rocca Gabrielli.

All'interno l'altare maggiore in legno dorato è costituito dalla Circoncisione di Gesù nel tempio, al centro, e dalle immagini di S. Ubaldo e S. Bernardino, ai lati della pala, attribuite al pittore eugubino Giovanni Baldassini (1534 ca. – 1601).

Al di sopra dell'altare maggiore si trova una Ultima Cena attribuita al pittore cantianese Ventura Mazza (1560 – post 1633). Interessante è il Crocifisso ligneo, opera di Bernardino di Ottaviano da Castel Durante (Urbania), commissionato all'artista dai priori della Confraternita nel 1537. Da allora l'opera è oggetto di profonda devozione.

Altro esempio di scultura lignea è la statua del Cristo risorto di scuola napoletana risalente alla fine del Cinquecento. La statua è portata in processione per le vie del paese a Pasqua e nel giorno dell'Ascensione.