Il complesso del Convento e della Chiesa dei Cappuccini è situato nella periferia di Mondavio, lato nord, lungo la strada provinciale che conduce ad Orciano.
La sua fondazione risale al 1577 al tempo di Gregorio XIII Papa, del vescovo di Fano Francesco Rusticucci e di Francesco Maria II sesto duca di Urbino, per volere della popolazione di Mondavio. Di questo si ha memoria nella lapide murata a sinistra nel portico d'entrata. La struttura si sviluppa nei successivi secoli XVII e XVIII. Il 19 giugno 1712 vengono consacrate la chiesa e l'altare maggiore in onore dello Spirito Santo e dei Santi Filippo Neri e Antonio da Padova. L'edificio, che sorge in prossimità del vecchio cimitero, si sviluppa attorno ad un chiostro e una chiesetta.

La chiesa presenta sul lato nord due costruzioni di differenti altezze che corrispondono a cappelle laterali, mentre sul lato sud un porticato si affianca ad un cortile con al centro un pozzo. Gli altri tre lati del porticato è possibile che si siano persi in successive trasformazioni e sistemazioni. Il piano terra è composto da sale più o meno grandi (dove si svolgeva la vita diurna del convento), tra le quali la biblioteca, mentre il piano superiore presenta una serie di piccoli locali collegati da corridoi al volume centrale. L'ingresso principale è stato riportato dove era in origine, cioè nel lato nord-est accanto all'ingresso della chiesa, mentre all'ingresso secondario, situato nel lato sud-ovest, si accede lungo il viale alberato che conduce al vecchio cimitero. Il convento è stato attivo fino ai primi del '900; attualmente, dopo lavori di recupero e ristrutturazione, è un complesso ricettivo per convegni e incontri culturali.

I suoi beni artistici sono esposti nel Museo Civico del Comune mentre la biblioteca, dalla seconda metà dell'800, costituisce il primo nucleo della biblioteca comunale.