Il museo Civico Archeologico di Fano accoglie materiali provenienti da collezioni private e dal mercato antiquario, ma espone anche reperti rinvenuti nel territorio fanese.

Allestita già nei primi anni del nostro secolo in alcune stanze del Palazzo Malatestiano, la Sezione Archeologica del Museo Civico ospita reperti preistorici, protostorici e romani rinvenuti a Fano e nel suo territorio già nei secoli passati. La testimonianza più antica della frequentazione dell'uomo in territorio fanese è data da una amigdala in selce bianca di epoca paleolitica rinvenuta a Monte Giove.

La presenza umana si fa via via più consistente nel corso del I millennio a.C., per assumere i caratteri di insediamento abitativo in epoca romana. Una celebre iscrizione di età repubblicana, il cosiddetto Cippo Graccano, testimonia lo sfruttamento agricolo della campagna fanese già nel II secolo a.C.

Ai vari reperti ceramici e vitrei esposti in Museo si aggiungono pregevoli esempi di statuaria tra cui il bel ritratto di donna con pettinatura all'Ottavia, e una raccolta di epigrafi rinvenute per lo più nelle necropoli fuori la cinta muraria.

Lo splendore della "Colonia Giulia Fanestris" è visibile anche nei mosaici che affiorano dal sottosuolo e che impreziosivano un tempo ville patrizie o edifici termali: sotto il portico quattrocentesco che si affaccia sulla Corte è interamente visibile il Mosaico della Pantera.