La fauna comprende tutte le specie di vertebrati presenti nel bacino del Metauro e nelle acque dell'Adriatico antistanti la Provincia di Pesaro e Urbino e solo una piccola parte degli invertebrati.

SOMMARIO:
- Cnidari
- Molluschi
- Crostacei Decapodi
- Insetti - Odonati
- Insetti - Coleotteri (Ditiscidi e Coccinellidi), Ortotteroidei, Eterotteri, Omotteri e Planipennii 
- Insetti - Lepidotteri Hesperioidea e Papilionoidea e altri gruppi di "farfalle diurne"
- Pesci
- Anfibi
- Rettili
- Uccelli
- Mammiferi
- Notizie storiche sulla fauna

Sono inoltre presenti nella sezione "Opere specialistiche" i seguenti lavori:
- RIPRODUZIONE DEL CORRIERE PICCOLO (CHARADRIUS DUBIUS) IN PROVINCIA DI PESARO E URBINO, di Virgilio Dionisi
- RICERCHE SULLA FLORA E FAUNA DEL LABORATORIO DI ECOLOGIA ALL'APERTO STAGNO URBANI E DEL VICINO FIUME METAURO - FANO (1991-2007), di Luciano Poggiani, Christian Cavalieri, Virgilio Dionisi e Matteo Falcioni
- GLI INSETTI DELLE SPIAGGE DI FANO, di Leonardo Gubellini
- GLI UCCELLI DEL LITORALE DI FANO, di Virgilio Dionisi
- GLI INSETTI DEL METAURO NEL BASSO E MEDIO CORSO SINO ALLA CONFLUENZA COL CANDIGLIANO, di Leonardo Gubellini e Luca Esposito
- ANALISI DELLE BORRE DI BARBAGIANNI NEL BASSO CORSO DEL METAURO (1982-1986), di Virgilio Dionisi
- LE GARZAIE DEL METAURO (2003-2006), di Christian Cavalieri