Le aree campione di ambienti naturali presenti nel bacino del Metauro e dell'adiacente alto Cesano (con esclusione di quelli marini) sono state scelte in base a queste categorie:

ACQUE DOLCI
- Fiumi
- Torrenti montani
- Acquitrini con formazioni erbose igrofile

BOSCHI
- Querceti di Roverella
- Cerrete
- Ostrieti
- Faggete
- Abetine
- Boschi ripariali

ARBUSTETI

FORMAZIONI ERBOSE
- Pascoli di altitudine
- Praterie xerofile e mesoxerofile
- Praterie mesofile
- Incolti erbosi

AMBIENTI CON SUOLO IN PREVALENZA SCOPERTO
- Zone rocciose
- Pendici sassose o con detriti incoerenti
- Alvei fluviali sassosi all'asciutto
- Spiagge marine sabbiose o ghiaiose.

Un criterio usato nella scelta delle aree campione di ambienti naturali è quello della facilità di individuazione e di accessibilità del sito e della percorribilità interna.

Le aree campione sono raggruppate in base alla zona geografica di appartenenza, e suddivise tra:
- basso bacino del Metauro e zona litoranea, dal Mare Adriatico agli affluenti Rio Puto e T. Tarugo, da 0 a circa 500 m di quota, comprendente la zona litoranea (dalla spiaggia marina alle falesie costiere), la bassa valle del Metauro e la zona collinare esterna (o basso-collinare);
- medio e alto bacino del Metauro e alto bacino del Cesano, dal Rio Puto e T. Tarugo allo spartiacque con il Tevere in territorio toscano e umbro, da 75 a 1701 m di quota, comprendente la media e alta valle del Metauro e dei suoi affluenti, l'alto bacino del Cesano, i Monti del Furlo e della Cesana (Dorsale Marchigiana), la zona collinare interna (o alto-collinare) e la zona montana o appenninica interna (Dorsale Umbro-Marchigiana, rilievi compresi nella Formazione Marnoso-Arenacea).

Le aree campione sono illustrate con schede specifiche, a meno che non coincidano con un'emergenza naturale: in tal caso l'indicazione di area campione viene riportata nella scheda dell'emergenza.

Le coordinate geografiche riportate per le aree campione degli ambienti naturali sono state desunte dalla rappresentazione cartografica di Google Earth