L'interno della Chiesa di San Filippo ha una volta a botte lunettata, arricchita da scorniciature in stucco.

L'altare maggiore è anch'esso in stucco ed ospita la pala settecentesca raffigurante L'Assunzione .
Al di sopra dell'altare c'è una grande raggiera dorata, con la colomba dello Spirito Santo. Sotto la mensa dell'altare è contenuto il corpo di San Benigno martire.
Il presbiterio è dominato dalla cupola ellittica che inonda di luce lo spazio sottostante con le aperture della lanterna, anch'essa ellittica, e i quattro oculi ellissoidali del tamburo.

Lungo il corpo della chiesa si possono ammirare quattro cappelle laterali intercomunicanti, con cupolini ellittici. Nella prima cappella destra è visibile un olio su tela raffigurante la Madonna col Bambino, Sant'Andrea Apostolo e Santo Vescovo, mentre nella cappella destra successiva si trova il dipinto della Morte di San Francesco Saverio. In alto, a rilievo, si hanno i busti di due gesuiti, in uno dei quali è rappresentato Sant'Ignazio di Loyola.
Nella seconda cappella a sinistra è collocata la pala raffigurante L'Estasi di San Filippo, e vicino a detta cappella è l'olio su tela della Madonna del Vento, oggetto di culto nell'ultima domenica del mese di agosto; la prima cappella sinistra ospita invece la pala settecentesca di San Crispino e San Crespiniano.
Le quattro statue in stucco, posizionate ai lati delle quattro cappelle, rappresentano le virtù cardinali Prudenza, Giustizia, Fortezza, Temperanza.