La Chiesa di S. Stefano alla Murata (altura fra Via Roma e Via D. Alighieri) sostituì l'omonima chiesa che sorgeva più a nord in località Finocchietto, distrutta dal terremoto nel 1781.
Fu fatta erigere, come la Chiesa di S. Antonio, da don Ulderico Matterozzi Brancaleoni e venne terminata nel 1790. In questa chiesa sono confluite tutte le opere d'arte che ornavano la più antica.

L'elegante facciata in mattoni è impreziosita dal travertino bianco degli elementi architettonici, quali le cornici delle finestre e del timpano e il portale centrale, nella cui lunetta campeggia lo stemma dei Brancaleoni. L'interno ha forma elissoidale a sobria decorazione barocca.

La pala d'altare è un dipinto su tavola di Giustino Salvolini detto l'Episcopi, con la "Lapidazione di S. Stefano" che reca la data 1570.

Opera pregevole sul primo altare di sinistra per chi entra è una "Deposizione dalla Croce", attribuita al pittore urbinate Gerolamo Cialdieri (Urbino, 1593-1680).

Il corrispondente di destra è la splendida tela con "Riposo nella fuga in Egitto", eseguita da Federico Barocci da Urbino (1535-1612).

Lungo le pareti sono poste entro nicchie statue in stucco bianco di profeti e santi eseguite intorno al 1541. I profeti maggiori, Geremia, Daniele, Ezechiele, Isaia e Davide appaiono come di sicura mano del Brandani, mentre le restanti statue sono riconducibili ad allievi.

Nel piazzale antistante la chiesa si trova una croce con trimonti, che utilizza come base una macina da guado, e un'altra è situato sul retro.