La Chiesa di S. Francesco in Rovereto sorge al confine sud occidentale del territorio  di Saltara, ed è raggiungibile dalla via Flaminia.

Costruita originariamente nella seconda metà del XIII secolo, è stata riedificata nel 1434 da tale Magister Marcus. Della originaria costruzione rimane oggi traccia nella cappella che si apre nel fianco sinistro della chiesa; il convento, che prese il posto delle vecchie case dei religiosi come ricorda un documento del 1493, fu costruito sul finire del XV secolo da Maestro Bernardino e da Maestro Norberto.

La chiesa come si presenta oggi è data dalla fusione della piccola chiesetta originaria con quella più grande costruita nel 1400 ad "aula tardogotica"; all'esterno la facciata, l'abside ed il fianco occidentale della chiesa presentano un cornicione decorato con una fascia di archetti pensili in laterizio; il campanile quadrangolare è stato aggiunto successivamente.

L'interno della chiesa è stato restituito da un recente restauro alla originaria semplicità quattrocentesca con le mura parzialmente ricoperte da affreschi attribuiti a Giovanni Antonio Bellinzoni e di altri ignoti autori; del periodo barocco rimangono l'altare maggiore e la cantoria in legno dorato.
All'interno della cappella laterale sono stati ricoverati elementi di un altro altare barocco, in legno dorato, che ornava la chiesa e due affreschi staccati.

La chiesa ed il convento attiguo, recentemente restaurati e restituiti alla vita monastica, oggi ospitano un centro di spiritualità.