Nella cappella che si apre nella parete sinistra della chiesa è conservato l'affresco staccato attribuito al fabrianese Allegretto Nuzi che rappresenta la Crocifissione, con San Francesco inginocchiato ai piedi della Croce; l'opera, che risale presumibilmente alla seconda metà del XIV secolo, ornava le pareti della chiesa più antica.

Nella stessa cappella sono conservati un altro affresco staccato, di autore ignoto, che raffigura S. Francesco, datato al 1648, e i pezzi smontati di un imponente altare barocco in legno dorato che, posizionato originariamente nel lato destro della chiesa, copriva gli affreschi più antichi che ritraggono i Santi Bonaventura, Sebastiano e Rocco.