L'oratorio si confonde tra le case di via Garibaldi nel centro di Urbania.

Già presente nel XV secolo, fu voluto e fondato da una delle Confraternite più antiche di Casteldurante, la "confraternitas fustigator".
I soci si dedicavano all'assistenza dei poveri del paese riunendosi settimanalmente per infliggersi punizioni corporali. Fin dall'inizio vi era annesso un ospedale il cui ingresso nel 1714 era dietro la chiesa.
Purtroppo l'archivio è andato completamente disperso, ma alcuni documenti e i restauri hanno permesso di ipotizzare la struttura originale dell'oratorio che, chiuso nella casa della confraternita, doveva essere più piccolo dell'attuale e con sulla porta un affresco raffigurante una Madonna, oggi perduto.
Solo nel 1520 la confraternita ebbe la possibilità di acquistare una casa adiacente all'antica sede, che fu trasformata in chiesa su progetto di Girolamo Genga (Urbino 1476 (?) - 1551).

L'interno ad aula ospita un ciclo di affreschi di Raffaellino del Colle (San Sepolcro, 1490/1500 - 1566), pittore manierista, con la partecipazione di alcuni esponenti dell'équipe attiva alla Villa dell'Imperiale di Pesaro.
Le lunette nella parte alta delle pareti raffigurano Sibille alternate a Profeti, in atto di leggere o scrivere, affiancati da puttini.
Le scritte ed i cartigli sottostanti permettono di identificare sei delle undici lunette pervenute: Samia, Isaia, Micheas, Libico, Amos, Baruc; esse sono completate da peducci scolpiti in pietra rossa e dorati, con fondi dipinti in azzurro, opera di Giorgio Orsini da Sebenico, forse provenienti dal Palazzo Ducale di Urbino.
Sono uno diverso dall'altro ed è possibile notarne in particolare uno con la bomba incendiaria dei Montefeltro ed un secondo raffigurante lo stemma inquartato con il leone rampante e la testa di cervo, emblema ubaldiniano.
Sempre del medesimo autore è l'affresco dell'altare di sinistra: la Sacra Famiglia derivante dallo stesso tema realizzato da Raffaello Sanzio per Francesco I, coronata da una splendida incorniciatura e sormontata da una lunetta con Padre Eterno.
Sopra lo stesso altare è posta una Madonna in trono con Bambino, del XV secolo.
Negli anni immediatamente precedenti il 1533 Raffaellino del Colle dipinse, oltre agli affreschi, anche le due tele ai lati dell'altare maggiore: Il Redentore e gli angeli e La Madonna del velo, su committenza di Bernardino Ugolini, commissario della Massa, la cui famiglia abitava proprio di fronte alla chiesa.
La pala dell'altare maggiore è opera di Giorgio Picchi (Roma 1550/1560 - 1605), a cui fu commissionata dalla Confraternita per la ricorrenza del Corpus Domini del 1586: il tema trattato è quello dell' Ultima cena, dove il pittore riprende l'impostazione utilizzata da Giusto di Gand per l'omonimo oratorio di Urbino attualmente conservata nella Galleria Nazionale delle Marche che ha sede nel Palazzo Ducale di Urbino.
Sotto lo stesso altare è posto un Cristo Morto di legno scolpito, definito antichissimo già nella visita pastorale del 1620, risalente probabilmente al XV secolo e realizzato in una locale bottega.
Oggetto di continua devozione, era in origine visibile dietro una grata di ferro, finchè nel 1739 cominciò ad essere nascosto da un paliotto di legno scolpito, che veniva tolto solo nella settimana della Passione.

da AA.VV. 1999: Urbania Casteldurante. Guida alla città.