Il dipinto era collocato originariamente nell'altare dedicato a San Tommaso, il primo a sinistra entrando nella chiesa di San Domenico. Venne commissionato a Jacopo Palma il Giovane probabilmente dal marchese di Montebaroccio, Guidobaldo dal Monte, attorno al 1590. In quest'opera si ravvisa un Palma ormai lontano dalle suggestioni dell'ambiente veneto di marca tizianesca e tintorettesca, e un avvicinamento semmai ai modi di Federico Barocci in voga nella Marche dell'epoca. Il dipinto rappresenta l'apparizione di Cristo crocifisso a San Tommaso d'Aquino su uno sfondo soprannaturale di luci e nuvole, in cui svolazzano putti ad incorniciare la scena pervasa di intima commozione.