Il passaggio Scaglia Rossa - Scaglia Variegata è transizionale, e non è segnato da particolari marker stratigrafici. Il criterio da adottare è la scomparsa della selce, da associare ad una predominanza delle litofacies marnose su quelle calcaree. Ancora più problematico è porre il limite con la soprastante Scaglia Cinerea. Infatti, la successione stratigrafica si presenta transizionale nelle litofacies e con alternanza di intervalli rosati e grigiastri. Recentemente la Commissione Internazionale di Stratigrafia (IUGS) ha accettato la sezione di Massignano (Ancona) quale rappresentativa del limite Eocene-Oligocene, ponendo il passaggio Scaglia Variegata - Scaglia Cinerea al tetto dell'ultimo intervallo rosato, che è stratigraficamente posto poco al di sotto del limite Eocene-Oligocene. Questo criterio porta a definire la Scaglia Variegata come policroma e la Scaglia Cinerea esclusivamente grigia. Nella parte medio bassa della Scaglia Variegata, talvolta è presente un Olistostroma di Scaglia Rossa, caratterizzato enormi noduli di selce, che in certi casi presenta uno spessore superiore a 10 m. Questo livello è sempre ben riconoscibile nelle aree più esterne (allineamento Furlo-Arcevia). Mentre nelle aree più interne (allineamento Catria-Nerone), sono presenti uno o più livelli analoghi, ma sono tuttavia più difficilmente correlabili e ubicabili nella colonna stratigrafica.