L'indagine è stata condotta dal 1998 al 2014 sulle aree di rilevanza naturalistica situate del tutto o in gran parte nel territorio del bacino del Metauro ricadente in Provincia di Pesaro e Urbino. Le schede tengono conto sia degli aspetti naturali, sia dell'utilizzo, delle forme di degrado e dei pericoli che minacciano le varie aree, sia dello stato di protezione esistente o previsto.

Il clima delle varie aree è stato indicato sulla base del sistema di classificazione proposto da Wladimir Köppen, e per l'intero bacino rientra nella classe C.

Le coordinate geografiche riportate per le aree campione degli ambienti naturali comprese entro le emergenze naturalistiche sono state desunte dalla rappresentazione cartografica di Google Earth oppure rilevate direttamente in loco con rilevatore GPS; da queste coordinate è facilmente possibile ritrovare il punto nella rappresentazione cartografica.

Le emergenze naturali sono state inquadrate in queste categorie geomorfologiche (vedi: settore Geomorfologia):

- Piane costiere
- Piane alluvionali
- Alvei fluviali
- Colline della fascia costiera
- Colline della zona collinare esterna (o basso-collinare)
- Colline della zona collinare interna (o alto-collinare)
- Dorsali carbonatiche
- Gole e Forre
- Rilievi della Formazione Marnoso-Arenacea.

Le emergenze naturali sono state inquadrate in queste categorie di ambienti naturali e antropizzati (vedi: scheda Elenco degli ambienti naturali e antropizzati):

ACQUE MARINE E DOLCI
- Acque marine costiere
- Corsi d'acqua (fiumi, torrenti, fossi, ruscelli montani)
- Specchi d'acqua ferma (laghi, stagni, pozze)
- Acquitrini (occupati per intero da formazioni erbose igrofile).

BOSCHI
- Querceti di Roverella
- Cerrete
- Ostrieti
- Faggete
- Abetine
- Boschi ripariali.

ARBUSTETI

FORMAZIONI ERBOSE
- Pascoli di altitudine
- Praterie xerofile e mesoxerofile
- Praterie mesofile
- Incolti erbosi.

AMBIENTI CON SUOLO IN PREVALENZA SCOPERTO
- Zone rocciose, pietraie, gole e forre calcaree
- Alvei fluviali sassosi all'asciutto
- Spiagge marine sabbiose o ghiaiose

Hanno fornito dati per quanto riguarda i funghi Maurizio Cecconi, Samuele Gabellini, Roberto Para, Luciano Polidori, Enzo Santini e Agostino Silvi; per le piante vascolari Leonardo Gubellini; per gli Insetti Leonardo Gubellini, Luca Esposito, Virgilio Dionisi e Claudio Poli; per i Pesci Andrea De Paoli, Domenico Leli, Stefano Marzani e Maurizio Ugolini; per gli Anfibi ed i Rettili Christian Cavalieri, Antonello Collesi, Aldo Cucchiarini, Matteo Falcioni, Andrea Fazi, Luca Gemignani, Domenico Leli e Stefano Marzani; per gli Uccelli Christian Cavalieri, Antonello Collesi e Matteo Falcioni; per i Mammiferi Maurizio Celi, Antonello Collesi, Aldo Cucchiarini, Stefano Fagiolo, Matteo Falcioni, Leonardo Gubellini, Domenico Leli, Luigi Ricci ed Ettore Sacchi.

Si ringrazia Leonardo Gubellini del Centro Ricerche Floristiche Marche di Pesaro per la revisione di parte dei testi e l'aiuto nella determinazione delle piante vascolari.