Innalzato anch'esso dall'intagliatore Benedetto Ginestra da Fossombrone nel 1632, e successivamente dorato da mastro Pierleone Feltrini di Acqualagna, l'altare maggiore diviene una specie di coro della nuova chiesa e si raccorda sapientemente all'antica soffittatura dove il verde squillante all'interno delle formelle serve ad accentuare l'effetto prospettico.
L'altare poggia su di una base in muratura intonacata che forma una rientranza a base trapezoidale ospitante la mensa, nella quale è collocato entro un'urna lignea il corpo di San Valerio Martire.
Le due nicchie laterali a conchiglia con cornici decorate a fogliame sono delimitate da sei colonne di ordine corinzio scanalate, di cui quattro binate nell'angolo interno.
La trabeazione presenta ghiande e fuseruole e il fregio decorato di fiorami dorati su fondo blu.
La parte finale dell'altare maggiore è costituito da tre cartelle libere di cui le due laterali hanno cornice dritta e stemma intagliato al centro; quella centrale, con timpano curvilineo, reca un cherubino e festoni.
Nelle due nicchie a conchiglia vennero poste le due statue lignee raffiguranti San Giovanni Evangelista (arrivata da Roma nel 1638) e San Bartolomeo Apostolo.
Nel 1777 la famiglia Capicci - Grassi donava alla chiesa l'immagine della Madonna del Buon Consiglio che presenta un'elaborata cornice realizzata da Marco Batazzi di Gubbio, poi posizionata al centro dell'altare.

BIBLIOGRAFIA
MAZZACCHERA 1997