L'opera posta nel secondo altare a sinistra fu realizzata da Pietro Vannucci detto il Perugino (Città della Pieve 1448/50-1523 Fontignano) presumibilmente intorno al 1490, all'incirca negli anni in cui il Santi dipingeva la Visitazione, sempre per la stessa chiesa.

Il dipinto rappresenta la scena dell'Annunciazione che si svolge sotto un porticato aperto con grandi arcate poggianti su lisci pilastri. Sullo sfondo si staglia su un limpido cielo un paesaggio dapprima pianeggiante poi sempre più collinoso. In primo piano le gentili e aggraziate figure dell'angelo annunciante e della Vergine e sopra, all'altezza delle arcate del portico, il Perugino inserisce un tondo contornato da cherubini con al centro il Padre Eterno benedicente con il globo, un motivo che richiama altri dipinti dello stesso autore realizzati diversi anni prima.

Sulla panca posta fra le due figure vi è una iscrizione lacunosa dalla quale alcuni studiosi hanno tratto ipotesi sulla datazione e sui committenti: per taluni potrebbero essere i medesimi che ordinarono al Perugino l'altra pala rappresentante la Madonna e Santi.