La Chiesa di S. Giovanni in Petra si trova lungo il F. Metauro 3 km a S.O. di Peglio, presso la S.S. 73 bis che percorre la valle. Accanto è situato un cimitero.

L'originaria pieve è di antica datazione; si hanno notizie relative ai suoi rettori dal 1300; dagli atti della Visita Pastorale del 1566 si deduce che l'interno è affrescato; così pure risulta da una Visita del 1612.
Dalla Visita del 1635 si apprende che la chiesa risulta lunga 35 piedi, larga 14 e alta 25 e inoltre aveva tre sepolcri.

L'attuale chiesa, insieme alla canonica, fu fatta costruire dall'allora parroco Don Domenico Canti e consacrata dall'Arcivescovo di Urbino nel 1853.
Pare che all'interno sia stato conservato l'assetto della precedente chiesa; sull'altare maggiore vi è una tela del Battesimo di Cristo (di scuola marchigiana della fine del sec. XVII); dei due altari laterali, quello di sinistra ha un quadro del Seicento attribuito all'urbinate Girolamo Cialdieri, dedicato alla Vergine del Rosario e quello di destra un quadro dedicato a S. Vincenzo Ferreri, di ignoto marchigiano del Settecento.
All'esterno la muratura, prevalentemente in pietra, è a faccia a vista, il campanile del tipo a vela è in mattoni e così pure il timpano sul fronte della chiesa.
Le cornici delle gronde e del timpano, come pure il portale della chiesa, sono in cotto.
Sul retro, al blocco edilizio costituito dalla chiesa e dalla canonica (restaurate nel 1973), sono addossati altri volumi edilizi per abitazioni e accessori di tipo rurale.