Il Barco o Parco, una delle opere più significative della committenza federiciana, fu costruito nel 1465, come documenta lo scritto del notaio Filareti: "1465 fu facto il Barco di Casteldurante (l'odierna Urbania)". Numerosi scritti coevi riferiscono che era utilizzato come parco di caccia.
La proprietà era dei Minori francescani Biccignani o Bicchignati (passati nel 1479 all'Osservanza) che avevano costruito nelle loro terre un convento. Federico, secondo le testimonianze di Costanzo Felici del 1581, avrebbe rimaneggiato l'antico romitorio "di San Giovanni Battista ne' Bichigiani".

La sede di caccia fu sempre legata sia ai Montefeltro sia ai della Rovere. Dopo la morte di Federico e ai tempi di Guidobaldo I la grande fabbrica era destinata a essere soppressa, quando il Comune chiese al Duca di conservare quell'opera che destava già allora meraviglia tra i contemporanei.

Prima dei lavori rovereschi il Barco era composto da un quadrilatero che si affacciava su di un cortile, attribuito a Francesco di Giorgio Martini che aveva creato due chiostri con pozzi e cisterne e, secondo il Vasari, due scale elicoidali (da alcuni attribuite all'arch. Girolamo Genga), e sulla destra il mausoleo ducale (oggi ridotto a sacrestia) che non vide mai la sepoltura di Federico. Le scale furono distrutte nel momento in cui fu costruita la prima chiesa all'interno del cortile; tuttavia se ne può osservare in un modellino del Settecento conservato nel Museo Civico di Urbania.

Nei primi anni del sec. XVI, sotto la direzione di Girolamo Genga, il Barco subì sostanziali interventi di ristrutturazione e di ampliamento. A detti interventi sono da ricondurre il porticato antistante la chiesa esistente e lo scalone d'onore che ne fiancheggia l'abside. In tale occasione il Genga inserì nella struttura preesistente anche due torri di guardia.
Il 28 ottobre 1625 Francesco Maria II, ultimo duca di Urbino, donava ai frati minori la residenza perché la trasformassero in convento. Nel 1628 il duca lasciava loro 500 scudi per tali lavori. Il Barco divenne così la residenza preferita di Francesco Maria II.

Nella seconda metà del secolo XVIII il Barco assunse l'aspetto attuale; le torri quadrate fatte costruire da Francesco Maria II ai fianchi della fabbrica furono una abbattuta e l'altra utilizzata come campanile. Al centro del cortile in precedenza era stata costruita la chiesa, già citata in un documento del 1656.
Successivamente, a causa di gravi danni subiti per il terremoto del 1741, si pose il problema della ricostruzione della Chiesa di S. Giovanni Battista; l'opera fu portata a compimento nel 1771 grazie al notevole impegno dell'urbaniese Padre Cristoforo Bostrenghi "Soprintendente alla fabbrica".

L'area di pertinenza del Barco fino a tutto il Settecento è stata caratterizzata dalla presenza di un fitto bosco di querce; nell'Ottocento inizia un lento ma deciso processo di trasformazione del bosco in seminativo, processo che si conclude con la scomparsa della "selva" originaria nei primi anni del Novecento.

Attualmente (2004) sono visitabili a piano terra solo alcune stanze recentemente restaurate e portate al loro antico splendore.