Il territorio comunale di Peglio comprende un tratto di Metauro e colline con altezza massima di 500 m circa, con suolo prevalentemente argilloso. Interessante è l'affioramento di rocce della Formazione Gessoso-Solfifera, che culmina con la grande bancata di roccia gessosa sulla quale è costruito il paese. I cosiddetti "Gessi di Peglio" si sono formati durante il Messiniano (Epoca Miocenica, Era Cenozoica). Una passerella metallica attorno alla cima del colle permette di osservarli agevolmente.

Vicino al paese si trova un lavatoio pubblico. Diversi sono i laghetti artificiali usati per l'agricoltura.

Attorno al capoluogo sono presenti piccoli agglomerati rurali e case coloniche sparse: Collelungo, Ca Romanini, Coldieci. Quattro sono le chiese dislocate lontano dal paese: S. Giovanni in Petra, S. Donnino, S. Giovanni in Balsomigno e S. Mustiòla.