Prima che venisse costruita l'attuale Chiesa di S. Giovanni Apostolo, da una villa appartenente alla famiglia Pascucci venne ricavata nel 1913 una Chiesa dedicata a S. Elena, poichè in quell'anno si celebrava l'anniversario dell'editto di Costantino del 313.
La Parrocchia di S. Giovanni Apostolo in Marotta di Fano (nel 2014 passata al Comune di Mondolfo) nasce giuridicamente nel 1918 da uno smembramento del territorio della parrocchia di Caminate, sotto il titolo di “SAN GIOVANNI FILIORUM HUGONIS” (San Giovanni Apostolo) IN S. ELENA MANUS RUPTAE.
Il titolo ed i beni vennero trasportati da un'antica Chiesa di Fano in seguito demolita, posta lungo Via Montevecchio, che conteneva una miracolosa immagine della Madre di Dio, i cui prodigi avvennero il 7 Luglio 1796.
La Chiesa ricavata dalla villa Pascucci era decorosa, ma senza particolari pregi architettonici. Doveva rimanere Chiesa Parrocchiale solo per un breve tempo, perché era intenzione del nuovo Parroco costruirne una nuova che si adattasse meglio alle necessità dei fedeli. In realtà trascorsero più di 80 anni prima che questo desiderio si realizzasse.

Il 27 dicembre 1998 il Vescovo di Fano ha solennemente benedetto la prima pietra dell'attuale Chiesa di S. Giovanni Apostolo. Il 25 gennaio 1999 iniziarono i lavori e finalmente il 22 ottobre dell'Anno Santo 2000 venne consacrata la nuova Chiesa.

In una cappella posta sul retro della Chiesa è posta la sacra Immagine della Beata Vergine della Consolazione prima citata, attribuita al pittore fanese Sebastiano Ceccarini, che rappresenta la Madonna in atto di allattare il Divino Figlio Gesù. I prodigi, e cioè l'aprirsi ed il chiudersi degli occhi e il girare delle pupille, ebbero inizio la sera del 7 Luglio 1796 e si protrassero per molti giorni. Vari sacerdoti e nobili della città sottoscrissero sotto giuramento e convalidarono da notai le loro testimonianze, tanto che, alla fine, il Vescovo dell’epoca dovette istruire un processo volto a provare l’autenticità dell’apertura degli occhi di Maria SS.ma.

Vi è anche stata collocata la grande tela del Martirio di S. Lucia di Sebastiano Ceccarini, di recente restaurata, in origine posta nella Chiesa di S. Agostino a Fano (da: "Quaderni della Fondazione" n.5 - Restauri 2002 - 2004).