Il confine tra il Comune di Fano e quello di Mondolfo sino al luglio 2014 tagliava Marotta, in pieno centro abitato, in due frazioni: Marotta di Fano e Marotta di Mondolfo, passando lungo Via Vecchia Osteria sino al mare. La divisione risale al secolo XV; allora il confine distingueva le terre del Ducato d'Urbino dal territorio del Governo di Fano "immediatamente" sottoposto allo Stato Ecclesiastico.

A seguito di un referendum tra gli abitanti, la L.R. Marche n.15 del 23 giugno 2014 ha stabilito un nuovo confine, posto più a Nord lungo un fosso parallelo a Via Andersen sino al mare: l’intera frazione di Marotta è stata così assegnata al Comune di Mondolfo.

Nel tratto di costa dalla foce del Metauro a quella del Cesano esistevano nel passato alcune strutture difensive, quali torri di avvistamento e alloggiamenti per soldati, costruite soprattutto nel periodo dalla seconda metà del Quattrocento agli inizi dell'Ottocento per contrastare le incursioni dei Turchi.
In una relazione sulle coste marchigiane consegnata al papa Clemente XI, risulta che nel XVII secolo erano presenti la Torre di Bastia, posto di guardia fortificato sulla ripa alla foce del Cesano, e la Marotta, casa per il ricovero di otto soldati di milizia di S. Costanzo, Barchi e Orciano (DE NICOLO' 1999).
Sono anche da ricordare la Torre della Porta di Ferro a Ponte Sasso e quella di S. Egidio su un'altura alla foce del Metauro.

Il centro abitato di Marotta si è andato sviluppando soprattutto dall'inizio del Novecento e più nella parte mondolfese in prossimità della stazione ferroviaria.
Marotta di Fano all'inizio del Novecento contava poche costruzioni lungo la S.S. Adriatica e poche altre su una linea più vicina alla costa, in gran parte abitazioni di pescatori.
L'intensa urbanizzazione che ha interessato Marotta di Fano, anche come stazione turistica, è iniziata dopo il 1950.
L'attuale chiesa di Marotta è la Parrocchiale dedicata a S. Giovanni Apostolo, terminata nel 2000.

In Via Vecchia Osteria (bivio con Via Panzini) è collocato un blocco di pietra (cm 125 x 65 x 29) nel cui specchio è incisa una scritta che ricorda una controversia sul tracciato del confine fra il territorio di Fano, pertinente allo Stato Ecclesiastico, e quello di Mondolfo (Ducato d'Urbino). Dopo che il vecchio cippo era stato spiantato, il nuovo "termine lapidario" fu ricollocato, e ben fermato al giusto posto, nel 1544 per comando di Paolo III. La ricollocazione fu curata da due personaggi ricordati nella epigrafe, Benedetto Conversini, vescovo di Jesi, presidente della Romagna e Francesco Valori, governatore di Fano. La scritta occupa undici righe; la terza è molto abrasa.
Il blocco di marmo è ubicato sul ciglio della strada, in curva, e protetto da una struttura in mattoni.

Una tradizionale manifestazione di Marotta è la sagra dei garagoi (mollusco marino detto in italiano Piede di Pellicano), che si tiene in aprile.

Ponte Sasso e Torrette, ubicati anch'essi lungo la S.S. Adriatica, hanno pure avuto dal 1960 una notevole espansione edilizia.