Secondo il Seta, uno storico del XVII secolo, dopo la distruzione della città romana di Suasa per mano del re gotico Alarico, gli scampati si rifugiano sulle colline circostanti, dando origine a vari centri collinari, tra cui Mondavio, la "Parva Civitas in Piceno".

Secondo lo storico Macci, invece, Mondavio nasce quando alcune famiglie benestanti vengono ad abitare attorno al convento che S.Francesco aveva costruito sul terreno donatogli dalla famiglia Ricci.

Incerta è anche l'origine del nome: "Mons Avii", monte di Avio, signore locale del 1300, o "Mons avium", monte degli uccelli, di sapore poetico e Francescano.

Nel 1283 Mondavio faceva parte dei "castelli di là del Metauro" soggetti alla città di Fano e nel 1300 si afferma per la presenza di quelle stesse famiglie che, di fatto, gli danno origine, diventando così vicariato giuridicamente riconosciuto dal cardinale Albornoz nel 1355.

Pur variabile nella sua composizione geografica, il vicariato vive e continua per centocinquanta anni come parte del territorio del Contado di Fano, poi come feudo ecclesiastico dei Malatesti di Rimini, con alterne cacciate e riconquiste.

Trionfale è nel 1442 l'ingresso in Mondavio di Sigismondo, cui la moglie Polissena Sforza porta in dote il vicariato, tolto alla Chiesa dal padre Francesco in un periodo di gravi disordini. Tragica è però la fine degli sposi, a seguito della sconfitta subita ad opera di Alfonso D'Aragona e Federico da Montefeltro, alleati del Papa.

Nel 1474, dopo una breve parentesi dei Piccolomini, il vicariato con 24 castelli è concesso da Papa Sisto IV al nipote, il capitano di ventura Giovanni Della Rovere, promesso sposo a Giovanna da Montefeltro, figlia di Federico. Durante il governo dei Della Rovere, il vicariato vive un periodo di pace e progresso di centotrenta anni. La Rocca, costruita da Francesco Di Giorgio Martini per conto di Giovanni a difesa del vicariato, non ha mai subito alcun assedio, né mai ha sparato un colpo dai suoi cannoni.

Estinti i Della Rovere nel 1631, il vicariato torna alla Sede Apostolica e vi resta sino all'annessione al Regno d'Italia nel 1860, quando il vicariato è trasformato in mandamento con pretura e carcere (nella Rocca).