Il territorio comunale di Mondavio comprende quattro nuclei principali, dei quali due sorgono in terreno collinare, Mondavio a 285 metri s.l.m. e Sant'Andrea di Suasa a 265 m s.l.m., e due nella vallata del fiume Cesano, San Michele al Fiume e San Filippo sul Cesano. La restante popolazione vive nella campagna circostante, distribuita in case sparse o radunata in contrade, come quella di Valdiveltrica e quella di Cavallara, quest'ultima situata nel versante del Metauro.

Storicamente importante è il "castello" di Sant'Andrea di Suasa: circondato da alte mura e con una sola entrata ad arco, esso conserva l'antica struttura medievale.

Di maggior carattere industriale e artigianale sono San Filippo sul Cesano e San Michele al Fiume.
Quest'ultima frazione si trova a 2,5 km, lungo la statale Cesanense; il suo sviluppo avviene nel secondo decennio del XX secolo attorno ad una antica chiesetta, successivamente ampliata (nel 1932) ed eretta a Santuario Regina della Pace nel 1967. All'interno è custodito un trittico di B. Biagetti (1947), raffigurante la Regina della Pace, con ai lati San Michele e San Tommaso.
Lungo la strada che unisce Mondavio con la Pergolese si trova la Cappella di S. Isidoro.