Il territorio dell'alto corso del Metauro, da Fossombrone allo spartiacque appenninico, è di gran lunga più vasto (824.47 kmq) di quello del basso corso (519.55 kmq) ed è suddiviso in 10 unità amministrative: Acqualagna, Apecchio, Borgo Pace, Cagli, Cantiano, Fermignano, Mercatello sul Metauro, Piobbico, S.Angelo in Vado, Urbania.

Queste sono dislocate lungo tre assi fluviali principali che nell'ordine, da nord a sud, sono i seguenti: Metauro (Fermignano, Urbania, S.Angelo in Vado, Mercatello sul Metauro, Borgo Pace), Candigliano-Biscubio-Menatoio (Acqualagna, Piobbico, Apecchio) e Burano (Cagli, Cantiano).

Mediamente questi Comuni sono molto più estesi di quelli della bassa valle: il maggiore in assoluto è quello di Cagli (kmq 226.16), segue Apecchio con 103.25 kmq e via via tutti gli altri fino a quello di Fermignano che, con 43.30 kmq, risulta essere più esteso di tutti i Comuni della bassa valle, esclusi Fano (121.53 kmq) e Fossombrone (106.68 kmq).