Dal 1840 sono stati compiuti numerosi, ma sempre parziali e a volte grossolani, rilievi delle strutture ipogee di Sant'Agostino. Ma accanto ad essi anche numerosi interventi sulle murature e sugli spazi interni non documentati da adeguati elaborati grafici.

Nell'ambito della ricerca sulla Basilica di Fano l'IDAU ha quindi effettuato rilievi molto dettagliati sugli spazi e sulle strutture in oggetto. Questo impegnativo lavoro è stato compiuto nell'arco di tre anni ed è stato realizzato nell'ambito del "progetto Vitruvio" in collaborazione con la Soprintendenza Archeologica delle Marche ed i soci dell'Archeoclub di Fano senza il cui prezioso impegno volontario non sarebbe mai stato possibile portare a termine il lavoro. Si tratta dell'ultimo e più completo rilievo mai effettuato degli scavi, l'unico che documenta l'attuale stato di fatto. Sono stati effettuati rilievi di piante e alzati con metodi integrati di rilievo tradizionale, strumentale e fotogrammetrico.