La Chiesa di S. Francesco si trova nella via omonima, nel centro storico di Pergola.

Fondata dai Francescani nel 1255, fu trasformata nel secolo successivo. Ha la facciata in conci levigati, divisa verticalmente in tre scomparti non regolari, con grande rosone ed un portale di pregevolissima fattura con arco a sesto acuto, alleggerito da quattro diverse modanature e contornato da formelle in pietra arenaria sulle quali sono scolpiti motivi animali e floreali. L'interno, a croce latina, è stato rifatto nel corso del XVIII secolo: è chiaramente ispirato ad un neoclassicismo accademico ed è tutto ritmato da linee geometriche, archi e lesene. Tra i numerosi dipinti si segnalano il "Riposo nella fuga in Egitto", firmato da Giovanni Antonio Scaramuccia (1570-1633), una "Annunciazione" della pittrice bolognese Lavinia Fontana (1552-1614), una Deposizione ed una lunetta con "Cristo Risorto", tavole attribuite a Giovanni Battista Ragazzini (sec. XVI).

Notevoli le statue di "San Nicola da Tolentino" (1685) e dell' "Immacolata", scolpita da Giacomo Piazzetta e decorata da G.F. Ferri nel 1692. Sulla parete sinistra del presbiterio è un pregevole "Cristo in Croce" trecentesco, attribuito a Mello da Gubbio.

Il contiguo chiostro necessita di restauri: una parte del portico è stato tamponato e manca il pozzo centrale.